La Fondazione Zuckerberg ‘premia’ la ricerca italiana, con un finanziamento ad hoc a due studiosi dell’Università di Padova, per premere sulla Bioinformatica del futuro. Circa 400mila dollari per ‘aggiornare’ Bioconductor, uno dei software opensource più usato dalla comunità scientifica per comprendere e analizzare i dati genomici, come quelli di Dna o Rna. Questo è l’obiettivo del finanziamento assegnato dalla Chan Zuckerberg Initiative agli italiani Davide Risso e Gabriele Sales, dell’ateneo italiano, e al collaboratore Levi Waldron della City University di New York.
“L’obiettivo principale è quello di far stare al passo con i tempi Bioconductor, un progetto molto importante per tutta la comunità scientifica che si occupa di bioinformatica, come il sequenziamento di Dna o di Rna”, ha detto Risso all’ANSA. Quando si parla di tecnologie di frontiera i tempi di innovazione sono rapidissimi e quello che fino a poco fa era una frontiera si può trovare improvvisamente a dover rincorrere per non diventare obsoleto: è quello che in qualche modo sta avvenendo in pochi anni a uno dei principali strumenti della bioinformatica, il software open source Bioconductor.
I recenti rapidi sviluppi dell’intelligenza artificiale hanno portato alla ribalta un ‘vecchio’ tipo di tecnologia informatica, le schede Gpu nate inizialmente nel mondo della grafica e dei video game ma che nel tempo si sono dimostrate particolarmente utili per fare altre tipologie di calcoli, ossia quelli necessari per algoritmi di deep learning e lo sviluppo dei Large Language model come ChatGpt. Computer basati sulle Gpu stanno dimostrando incredibili capacità su alcune tipologie di elaborazioni, ad esempio per la IA, e ora anche la bioinformatica sta virando verso questa tipologia di macchine.
Ma per fare questa trasformazione serve rivedere radicalmente anche tutti i software sviluppati finora. “Bioconductor è una piattaforma usata da oltre 20 anni dalla nostra comunità scientifica che sviluppa continuamente nuovi ‘pacchetti’, ossia estensioni per risolvere specifiche tipologie di analisi, ma c’è oggi un cambio di paradigma dettato dalle Gpu”, ha spiegato Risso. “Sempre più pacchetti – ha aggiunto – iniziano da qualche tempo a essere progettati per questo tipo di architetture”. Per restare al passo allora serve una profonda opera di rinnovamento delle migliaia di pacchetti di codici scritti finora e renderli adatti a funzionare su computer basate sulle Gpu. “Potremo ad esempio passare da analisi del genoma, dette a singola cellula, che oggi richiedono qualche ora a risultati ottenuti in pochi minuti”, ha aggiunto Risso.
Proprio perché il progetto Bioconductor è considerato una pietra miliare nella bioinformatica ora “questo finanziamento – ha aggiunto Sales – ci aiuterà a garantire il futuro della nostra infrastruttura e a permettere a ricercatori nel campo biomedico di utilizzare la programmazione Gpu in modo più accessibile”. Un contributo di 400mila dollari assegnato dalla Chan Zuckerberg Initiative, l’organizzazione filantropica del fondatore di Facebook Zuckerberg e la moglie Priscilla Chan che sostiene lo sviluppo di progetti scientifici pensati per “costruire un futuro più inclusivo”.
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