Grazie a Summit, il supercomputer più potente al mondo, i ricercatori sono riusciti a individuare ben 77 sostanze chimiche potenzialmente in grado di fermare, o almeno rallentare, l’infezione di cellule ospiti da parte di SARS-CoV-2, il coronavirus che causa la sindrome respiratoria COVID-19 e che ci sta costringendo tutti in casa. È un passaggio molto importante per la creazione di un vaccino efficace e affidabile: ma la strada della ricerca è ancora molto articolata.
Summit è un supercomputer commissionato a IBM dagli Stati Uniti nel 2014. Ha una potenza di calcolo complessiva di 200 PetaFLOP al secondo, anche se al momento il sistema di benchmark Linpack lo posiziona poco sotto ai 150. In ogni caso, sempre lo stesso servizio lo classifica come il supercomputer più potente al mondo – e di gran lunga: il secondo e il terzo classificato, rispettivamente l’IBM Sierra (USA) e il Sunway TaihuLight (Cina), registrano punteggi di 94,6 e 93 PetaFLOP al secondo.
Il sistema è formato da 4.608 nodi di elaborazione, ognuno dei quali comprende 2 CPU IBM Power9 e 6 GPU NVIDIA Tesla, che comunicano l’uno con l’altro a una velocità di 25 Gigabyte per secondo. Nel complesso, il sistema – che è grande più o meno come due campi da tennis, usa quasi 300 km di fibra ottica e pesa 340 tonnellate – può contare su 250 petabyte di capacità di archiviazione.
La macchina è in servizio presso il laboratorio nazionale di Oak Ridge, nel Tennessee, ed è stato pensato proprio per aiutare gli scienziati a “risolvere i grandi problemi del mondo”, e si sta usando per importanti progressi nel campo medico. Per esempio, è riuscito a individuare segnali premonitori del morbo di Alzheimer e individuato i geni che rendono il paziente più vulnerabile a dipendenze dagli oppioidi. Ma non solo: è stato usato anche per prevedere eventi climatici estremi analizzando il meteo dei giorni antecedenti.
Il coronavirus, semplificando moltissimo, infetta le cellule di un organismo ospite legandosi chimicamente ad esse e consumandole per replicarsi. Il compito di Summit è stato il seguente: trovare, attraverso innumerevoli simulazioni, quali sostanze impiegabili in un farmaco potrebbero legarsi al virus prima che questo infetti l’ospite. Delle oltre 8.000 sostanze analizzate, il supercomputer ne ha individuate 77, e classificate naturalmente in ordine di probabilità.
Come dicevamo, è uno sviluppo importante perché offre ai ricercatori una direzione precisa, in modo che non debbano fare tentativi alla cieca; tuttavia, i risultati vanno ancora convalidati sul campo. In aggiunta, le elaborazioni del computer si basano su un modello vecchio del virus, risalente a metà gennaio. Il prossimo lavoro sarà quindi ripetere tutte le simulazioni usando il modello più aggiornato e preciso pubblicato negli scorsi giorni.
